תשעה חודשים לאחר פינוי עמונה הואשמו הבוקר (ראשון) שלושה צעירים בניסיון לפגוע בפינוי. יחידת התביעות של מחוז יהודה ושומרון הגישה הבוקר שלושה כתבי אישום לבית משפט השלום בירושלים בגין עבירות של הפרת הוראה חוקית, הפרעה לשוטר ובמילוי תפקידו.
במהלך פעולות הפינוי, בראשית פברואר 2016, נאמר לצעירים כי מדובר בשטח צבאי סגור והכניסה והשהייה בו אסורה. על אף זאת, הם המשיכו לעלות במעלה ההר למרות קריאות השוטרים. אחד מהם מואשם גם בשימוש בכוח או באיומים למנוע מעצר ואחר גם בהעלבת עובד ציבור.
בפברואר פינתה המשטרה 42 משפחות שהתגוררו במאחז וכן מאות מתנגדים לפינוי שהגיעו למקום, ובהם בני נוער רבים. 13 צעירים נעצרו במהלך הפינוי, שבו נפגעו כ-60 שוטרים וכ-15 ממתנגדי הפינוי. עד כה לא הוגשו כתבי אישום נגד המתבצרים בבית הכנסת שבמקום, התבצרות שבמהלכה יודו חפצים לעבר השוטרים.
